Malgré son manque de palmarès, il a été l'un des coureurs français les plus populaires avec Richard Virenque. En effet, Bourguignon était considéré comme le clown du peloton ce qui le rendait très sympathique aux yeux du public et contribuait ainsi à sa très grande popularité.
Lors du Tour de France 1999, avec la complicité de Pierre Salviac, il raconte son tour au travers de l'émission "Moi, Thierry Bourguignon, dossard 192 du Tour de France"..
Thierry Bourguignon met fin à sa carrière de coureur en 2000. Il demeure au sein de l'équipe BigMat-Auber 93 jusqu'en 2003 en tant que directeur sportif adjoint auprès de Stéphane Javalet.



